در برخی منابع دو قرن اخیر، به ماجرای نبش قبر و آشکار شدن بدن رقیه(س) اشاره شده که نشان میدهد که قبر متعلق به دختر خردسالی است. گفته شده دست کم سه نفر این ماجرا را نقل کردهاند.[8] نخستین آنها مؤمن شِبلَنجی در نورالابصار، از علمای اهل سنت در قرن سیزدهم قمری، است[9] که صاحب مزار را رقیه دختر امام علی(ع) معرفی کرده و گفته است هنگامی که برای بازسازی جنازه را از قبر بیرون آوردند، جنازه دیده شده که دختر کوچک نابالغی بوده است.[10]
شیخ محمدهاشم خراسانی (درگذشت 1352ق) در کتاب منتخب التواریخ، این مزار را متعلّق به رقیه بنت الحسین(ع) دانسته و داستان آسیب دیدن قبر را با تفصیل و همراه با کراماتی ذکر کرده است. وی آورده است سید ابراهیم دمشقی سه دختر داشت که در سال 1280ق سه شب به ترتیب از بزرگ به کوچک، رقیه را در خواب دیدند که به آنها گفت: «به پدرت بگو قبر مرا آب گرفته، بیاید و آن را تعمیر کند». سید ابراهیم به خواب دخترانش ترتیب اثر نداد تا اینکه شب چهارم خود رقیه(س) را در خواب دید. پس از آن با حضور علمای شیعه و اهل سنت، اقدام به نبش قبر کردند. سید ابراهیم جنازه را که صحیح و سالم بود، روی زانوی خود نگهداشت تا آن را تعمیر کردند.[11]
به گفته نویسندگان دانشنامه امام حسین(ع)، با اینکه انگیزه برای ثبت و گزارش این ماجرا وجود داشت؛ اما هیچ کس به جز متولیان حرم، این داستان را سید محسن امین نیز با اینکه در منطقه حضور داشته، به این ماجرا اشاره نکرده است نقل نکرده و سید محسن امین نیز با اینکه در منطقه حضور داشته، به این ماجرا اشاره نکرده است-اما-پس از ماجرای خواب دختران سید ابراهیم دمشقی، سلطان عبدالمجید از سلاطین عثمانی، تولیت زینبیه، مرقد رقیه، مرقد امکلثوم و سکینه را به سید ابراهیم واگذار نمود. پس از سید ابراهی مپس از ماجرای خواب دختران سید ابراهیم دمشقی، سلطان عبدالمجید از سلاطین عثمانی، تولیت زینبیه، مرقد رقیه، مرقد امکلثوم و سکینه را به سید ابراهیم واگذار نمود. پس از سید ابراهیم دمشقی فرزند و نوهاشمتولی این اماکن بودهاند-سرهرکس که بتوانند کلاه بگدارند - ولی سر سلطان عبدالحمیدرانمیتوانند وبه احتمال بسیارزیاد توسلی پیدا کرده است- من شخصا حضور پیدا کردم یک دفعه یکخانمی تهرانی که چادراش هم کمی کنار رفته بود بادادفریاد به ضریج چسیبده بود وسپس یکخا نم تهرانی بالباس مدرن امد وفریادزد- که صدای ببر اینجاتعدادی مرد است کسی مثلاانکه کسی متوجه نبودند جز من- وگفت حجاب ات درست کن واوهم نکرد- حضرت ایتالله عبدالرضا حدائق علیه السلام امشب فرمودند که من مشرف بهدمشق شدم ودنبال قبر معاویه بودم واز مردم سئوال میکردم همه باتعجب میگفتند شما چکار بامعاویه دارید؟؟ وهمه انحضرت بخوبی میشناختند - انخرابه امروز مرکزیت شهر است وکاخ معاویه سوت وکور مگر داعش درادلب بارگاهی درست کند واگر دولت رسیدگی نمیکرد کاخ ویرانه میشد ایه قران هم دراینمورد داریم ایشان فرمودند در ایه سی سی سوره برائت خداوندمیفرماید با تبلیغات وسخنرانی میخواهند نور الهی را خاموش کنند وما نور خودمان رازیاد میکنم چگونه توسط افراد نورانی اول خود خداوندمنان نورمطلق است وپیامبر اکرم سراح المنیر است و بیانات معصومین کلمات نور است گپس باید هم نورمادی وهم نور معنوی این بارگاه نورانی درتماما بعادز یاد کرد- انشااالله.[25].[25].[12]
تصویر هوایی حرم حضرت رقیه در شهر دمشق
تاریخچه بنا و بازسا